气功和体育锻炼都是人类自我心身锻炼方法，都具有健身作用。气功，尤其是动功，也是一种特殊的体育锻炼。如果去掉对意念、呼吸的特殊要求，则与体育锻炼中的体操无异，只是动作柔和缓慢而已。体育锻炼也包括了“调身”、“调息”、“调心”三方面相应的内容。如“调身”本来就是体育锻炼的主要内容，而呼吸的调整对于体育锻炼来说也很重要，就象长跑运动员必须使呼吸与步伐相协调一样。正确的呼吸方法，是“调身”达到完美状态的保证。体育锻炼也很重视心理状态的影响，几乎所有的体育项目的竞技成绩都与运动员的心理稳定性有关，只是影响的程度不同，象射击、射箭，情绪的任何波动都可能大大影响成绩。
传统体育中的武术，与气功更是密不可分。所谓“外练筋骨皮，内练一口气”，就是指武术与气功的结合。武术发展到今天，最引人注目的还是它与气功结合而起到的健身治疗作用。传统气功中的“五禽戏”、“八段锦”等许多功法，往往也同时被归入体育锻炼之列。
但是，气功与体育锻炼之间仍有很大的区别，表现在以下几个方面：
1.体育锻炼着重“调身”，即形体的锻炼，其“调息”的目的是为了在激烈的体育锻炼过程中得到充足的氧气供应，并不断地从体内排除二氧化碳，以保证大脑、肌肉所消耗的能量得以及时的补充，从而保证体育竞技顺利进行。也就是说其目的在于使形体的锻炼得到充分的发挥。而“调心”也同样是为了保证形体的完美发挥。气功与此不同，气功的三要素中，“调心”起着决定性的主导作用，“调身”只是顺利进行调心、调息的重要条件，“调息”则有助于体势的放松和精神的宁静。三者有机地结合起来，逐步达到气功入静状态，并在意识的主导下进行机体内部功能的自我调整和锻炼，通过特殊的心理过程来改变自身的生理状态，达到治病强身的目的。
2.与体育锻炼相比，气功更强调人的心理状态对人体健康的影响，强调通过主动的自我精神活动来调整自身的生理活动。在气功入静状态下调动和培育人体的生理潜力，起到强身治病的作用。
3.气功锻炼是在气功入静状态下进行的有呼吸要求的运动，它要求在保持松静自然的基础上，全身协调运动，呼吸柔和细缓，使耗氧量降低，心率减缓，血压降低，在整体上提高身体素质；这与一般的体育锻炼使呼吸加快，耗氧量增多，心率加快，血压升高，从而加快身体某些部分的新陈代谢，使形体按特定的要求完美发展等，有着很大区别。
